San Francisco Japanese School（通称：サンフランシスコ日本語補習校）では、お子様が本校に入学されると同時に、保護者は本校の会員となり、また同時に必ず本校保護者会にも所属することになっており（詳細は本校「学校便覧」をご覧ください）、授業料と同時に毎月一定額の保護者会費をお支払いいただいております。保護者会はこの保護者会費を元に、各種イベントや当番などの管理を含む、学校組織をサポートする活動を行なっております。

保護者会総会は通常、５月の各校別「保護者会総会」と、年度末のサンフランシスコ・サンノゼ両校保護者会による「保護者会合同総会」の２回開催されます。合同総会では、理事会（理事会は本校の運営母体です）の総会も併催されます。５月の総会は、各校会員の３分の１以上（委任状を含む）の出席を持って定足数とし、採決が必要な場合は、出席者の過半数（委任状を含む）の同意が必要です。合同総会では、両校保護者会会員の３分の１以上（委任状を含む）の出席を必要とし、採決が必要な場合は、出席者の過半数（委任状を含む）の同意が必要です。規約の詳細については、学校便覧をご覧ください。